Prøveforelesning
Se prøveforelesningBedømmelseskomité
Dr. Edward J. Feil, Microbial Evolution, Department of Biology and Biochemistry, University of Bath, Claverton Down, Bath, Storbritannia
Dr. Johan Trygg, Universitet Docent, Department of Chemistry, Umeå University, Umeå, Sverige
Professor Michael Koomey, Institutt for molekylær biovitenskap, Universitetet i Oslo
Leder av disputas: Professor Trond Schumacher
Veileder: Nils Chr. Stenseth, Kjetill S. Jakobsen, Tormod Næs, Knut Rudi
Sammendrag
I dette arbeidet har vi utviklet molekylære metoder for simultant å måle forekomsten av ulike mikrober i komplekse samfunn. Koblet med økologisk analyse gir dette oss helt nye muligheter til å forstå hvordan bakteriesamfunn fungerer, kunnskap av potensielt stor verdi for eksempel i forebygging og behandling av infeksjoner.
I sine naturlige miljøer lever bakteriene gjerne i kompliserte samfunn, det være seg i jord, vann eller i menneskekroppen. For eksempel består den normale humane bakterieflora av så mye som 1014 bakterieceller, ca. 100 ganger så mange som det finnes menneskeceller i kroppen. En voksende mengde litteratur dokumenterer en rekke viktige roller disse mikrobene spiller i helse og sykdom, men allikevel er vår viten om deres økologi fortsatt svært ufullkommen. En mye brukt fremgangsmåte i økologiske studier av planter og dyr er analyse av tidsseriedata, en tilnærming som kan gi informasjon om hvilke forhold som styrer utvikingen av økosystemer, for eksempel mekanismer som ligger bak det at populasjoner kollapser og blomstrer. Denne typen analyse er langt mindre brukt til å studere mikrobenes verden, til dels fordi fagdisiplinene generell økologi og mikrobiologi lenge har utviklet seg som separate enheter, men også fordi populasjonsdata på mikrober i komplekse samfunn er vanskelige å oppdrive. Bakterier er i praksis usynlige (utenom i mikroskop), de er ofte vanskelige å skille fra hverandre ut ifra morfologiske kriterier, og de har ekstremt kort generasjonstid (så lite som 10 min. under gunstige forhold). Metodene vi har utviklet gjør det mulig å følge bakteriesamfunn gjennom tid på en relativt hurtig og enkel måte. De er basert på simultan registrering av DNA-molekyler som kan diskriminere mellom de ulike medlemmene av et samfunn, og påfølgende analyse av DNA-signalene v.h.a. regnemetoder som normalt brukes kjemi. Vi har brukt metodene både i infeksjonssituasjoner og laboratoriekulturer, og analyse av de resulterende tidsseriene har gjort oss i stand til å danne hypoteser om hvordan bakteriesamfunn fungerer. Slik informasjon er relevant bl.a. i forhold til sykdommer som oppstår som følge av endringer i kroppens naturlige bakterieflora.
Avhandlingen er et resultat av tverrfaglig samarbeid mellom NOFIMA Mat (tidligere Matforsk AS) og Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES, Senter for Fremragende Forskning ved Biologisk Institutt ved UiO).
Kontaktperson
For mer informasjon, kontakt Gry Slettner Windsland.