Mikropaleontologi omfatter studiet av alle fossiler som man må benytte mikroskop for å studere. Disse små fossilene finnes i store antall i de fleste sedimentære bassenger. Både utbredelsen og hyppigheten av dem i tid og rom så vel som de kjemiske egenskapene til skallene deres bidrar gir kunnskap om jordhistorien. De gir viktig informasjon om alderen på sedimentene når man borer etter olje eller gass, men kan også gi innsikt i langtidsendringer i klima, havnivå og andre miljøforhold. I senere år har de også vist seg å kunne brukes i forurensningsstudier til å gi et perspektiv på i hvor stor grad menneskelig aktivitet har endret de økologiske forholdene.