The International Genetically Engineered Machine Foundation (iGEM) er en ideell organisasjon dedikert til å fremme innovasjon innen syntetisk biologi. Årets konkurranse åpner for å inkludere modellering i prosjektet. Her stimuleres studenter til å finne nye måter å løse virkelighetens utfordringer på med blant annet genteknikk. På grunn av koronaviruspandemien blir iGEM Giant Jamboree virtuell, og alle er velkomne til å delta.
Gjenkjenne sykdom hos fisk tidlig i sykdomsforløpet
Prosjektets mål er å utvikle et deteksjonssystem som kan gjenkjenne sykdom hos fisk tidlig i sykdomsforløpet, og en tilnærming for behandling av amøbisk gjellesyke.
Fiskeoppdrett verden over lider store tap hvert år fordi fisk dør av sykdom. Flere sykdommer er forårsaket av parasitter, en av disse er amøben Paramoeba perurans (P. perurans) som angriper laksens gjeller. Atlantisk laks er den viktigste arten i norsk akvakultur.
Prosjektet vårt har som mål å lage et automatisk deteksjonssystem. For å lage dette systemet undersøker vi kollektiv atferd og hvordan man kan bruke karakteristikk i atferdsmønsteret hos fisk til å diagnostisere sykdommer. Vi satser også på å bruke genetisk modifisert Escherichia coli til å produsere salinomycin, en antiparasittisk forbindelse.
Teamet har:
- Utviklet et automatisk deteksjonssystem som kan tidlig registrere Amøbisk gjellesyke hos laks. I modellen undersøker de avvikende eller avvik fra kollektiv/ normal atferd i fiskestimer og hvordan man kan bruke atferdsmønster til å diagnostisere sykdommer.
- Beskrevet en modell for produksjon av antibiotikumet salimycin ved å bruke genetisk modifiserte Escherichia coli.
Dette er et eksempel på hvordan syntetisk biologi og modellering kan bidra til dagens diagnostiske verktøy og behandlinger som brukes i havbruk i dag.
Det jeg synes var mest utfordrende og interessant var å finne en måte å visualisere informasjonen som modellen vår lagde. Ved slutten av prosjektet hadde vi et godt system hvor generert data fra modellen ble importert, visualisert og animert. Dette er noe jeg er ganske stolt over, forteller Martin Eide Lien.
iGEM-teamet fra Norge
Det tverrfaglige studentteamet som representerer Universitetet i Oslo ved iGEMs årlige syntetiske biologikonkurranse, er klar til å presentere prosjektet “Sal. coli”. Det er det eneste laget fra Norge i år, og kan være det minste som noensinne har deltatt.
Det å være et lite team var vanskelig, spesielt under korona pandemien, siden det fort ble vanskelig å innhente nye medlemmer. Grunnet dette måtte vi ta mer ansvar individuelt, noe som økte arbeidsmengden, men som antageligvis førte til større læringsutbytte, sier Jonas Aouay Grønbakken.
UiO har deltatt i iGEM-konkurransen hvert år siden 2014 med professor Dirk Linke i spissen. Her er 2020-teamet:
- Alexander Refsnes-Petkovic. Alexander skrev om AGD i fiskeoppdrett i sin bacheloroppgave. Han har begynt som masterstudent ved Institutt for biovitenskap ved UiO.
- Jonas Aouay Grønbakken. Jonas er masterstudent i cybernetikk og autonome systemer ved Institutt for teknologisystemer, UiO.
- Martin Eide Lien. Martin holder på med sin masteroppgave I bioteknologi. Oppgaven dreier seg om beregnings- og systembiologi ved Norges teknisk- naturvitenskapelige universitet. Martin deltar på Oslo teamet på «fritiden», siden NTNU ikke deltar I konkurransen I år. Han forsikrer at NTNU stiller med iGEM-team i 2021, og han blir med.
- Veilledere: Athanasios Saragliadis, Kirsten Borse Haraldsen og Dirk Linke.
2020 har vært en fantastisk reise, og vi er takknemlige for innspillene fra alle teammedlemmene, samt den gode støtten vi fikk fra våre veiledere. En spesiell takk til teamleder Dirk Linke fra Institutt for biovitenskap, for alle hans gode råd som ble ført med takt og tone over mållinjen. Samt alle de som bidro og påvirket prosjektet vårt gjennom dette året. Og en stor takk til Instituttet for biovitenskap og Universitetet i Oslo for å være teamets sponsor i år, sier Alexander Refsnes-Petkovic.
iGEM
En anerkjent global konkurranse hvor tverrfaglige studentteam designer sitt eget prosjekt, hvor de bruker verktøy innen genteknologi, molekylærbiologi og datateknologi til å lage helt eller delvis kunstige biologiske systemer med nye egenskaper.
iGEM’s store begivenhet er den årlige Jamboreen. Ca. 300 lag fra verdens beste universiteter deltar i den årlige konkurransen. Det kommer nesten 6000 studenter fra hele verden til Boston i USA for å presentere prosjektet sitt. I år deltar 4800 studenter på den digitale jamboreen fra 13. til 22. november.
Prosjektene og presentasjonene blir vurdert av tverrfaglige team som gir positive og konstruktive tilbakemeldinger. Teamene som deltar gjør hverandre gode og alle er vinnere, teamet konkurrerer bare med seg selv om å oppnå høyeste medaljekriterier.
Vi oppfordrer alle studenter til å delta i iGEM, fordi det er et bra sted å begynne å lære syntetisk biologi, og bruke iGEM som et springbrett inn i bransjen for å få fremtidsrettet spesialisering.
Presentasjon av prosjektet
Les og hør mer om prosjektet på teamets interaktive poster (igem.org) (klikk på tittel, figurer etc.), og prosjektpresentasjonen på video (igem.org).
Vurdering av teamenes prosjekter gis blant annet ved konstruktive og positive tilbakemeldinger til teamene av et faglig panel. Lag konkurrerer bare med seg selv om å oppnå medaljekriteriene.
Virtuell presentasjon på Giant Jamboree
Søndag, 15. november klokken 14.00 presenterte UiO teamet sitt prosjekt for dommerpanelet. Presentasjonen deres ble vist 17:30-18:00.
Presentasjon av årets vinnere av konkurransen er søndag 22. november 2020.
I år er alle invitert til all-digital iGEM Jamboree. Gjester kan delta ved å registrere seg på iGEM 2020 Virtual Giant Jamboree November 13-22, 2020.