Viktig driver for genetisk mangfold
Polyploidisering, prosessen hvor en organisme får mer enn to komplette sett av kromosomer, er en viktig driver for genetisk mangfold. Denne feilen i celledelingen kan utgjøre det første trinnet før tilpasning i perioder med miljøendringer. Konsekvensene av polyploidisering for genom, proteom, metabolom og deres samspill med den adaptive fenotypen er imidlertid dårlig forstått, og krever tverrfaglig tilnærming og forskningssamarbeid.
For å belyse disse spørsmålene, har forskningsprosjektet PloidYeast arrangert et symposie, som samlet eksperter fra forskjellige fagområder. Foredragene dekket temaer som spenner fra polyploidisering, hybridisering, integrering av omikk-data til anvendelser av maskinlæring.
PloidYeast-prosjektet
PloidYeast er et NFR-forskningsprosjekt ved Universitetet i Oslo, som er finansiert av Norges forskningsråd. Forskningsprosjektet drives i FunGIALab (Laboratorium for soppgenomikk og industrielle anvendelser) ved Institutt for biovitenskap, Universitetet i Oslo.
Ett av hovedmålene med dette prosjektet, er å forstå tilpasningsmekanismene til gjær etter en polyploidiseringshendelse. For å studere denne prosessen bruker forskerne adaptiv laboratorieevolusjon, og i løpet av prosjektets levetid vil de produsere forskjellige datasett (genomikk, transkriptomikk, proteomikk, metabolomikk, og vekstkinetikk) som krever en tverrfaglig tilnærming for å få innsikt i prosessen. Polyploidisering i gjær er en mekanisme som kan være svært nyttig for å produsere nye gjærstammer med direkte anvendelser i produksjonen av bærekraftige og sunne matvarer, og for å styrke en sirkulær bioøkonomi rundt matindustrien.
PloidYeast arrangerte dette symposiet for å diskutere forskjellige forskningsspørsmål, som hvordan gjær vil tjene som modell for andre ikke-gjærorganismer. Og for å se nærmere på de forskjellige verktøyene for å sette opp eksperimenter, for å gi høykvalitets og nyttige data og hvordan man analyserer dem. Og ikke minst for å utforske begrensninger og muligheter i feltet.
Spennende foredrag
David Peris, fra IATA-CSIC og Universitetet i Oslo, er ekspert på sammenlignende genomikk i gjær og åpnet symposiet. David Peris er arrangør og prosjektleder for PloidYeast-prosjektet.
De fleste foredragsholderne er samarbeidspartnere i RCN-prosjektet PloidYeast. Etter David Peris' presentasjon snakket Filip Kolář, fra Karlsuniversitetet i Praha (Tsjekkia), om polyploidisering i plantearter. Deretter viste Rike Stelkens, fra Stockholms Universitet (Sverige), fitnesskonsekvensene etter adaptive laboratorieeksperimenter med gjærhybrider under forskjellige forhold.
Ana Conesa, fra I2SysBio-CSIC (Spania), presenterte virtuelt forskjellige verktøy for integrativ omikk. Til slutt introduserte Héctor García, fra Lawrence Berkeley National Laboratory (USA), om nødvendigheten for automatisering av prosessene og dataene som kreves for å anvende maskinlæring effektivt. Disse nye metodene bidrar til å øke produksjonsutbyttet av verdifulle forbindelser som er avledet fra biprodukter i matindustrien.
Støttet av flere satsinger
Arrangementet fant sted på Blindern fredag 26. april, og var en spennende anledning for forskere og andre interesserte til å gå i dybden på fenomenet polyploidisering, som har vært sentralt i utviklingen av mange planter, dyr, sopp og andre eukaryote organismer.
Symposiet har fått støtte fra UiO:Livsvitenskap og UiO:Energi og miljø.