Forskning i koronaens tid

Overgangen til det nye tiåret kommer til å huskes for SARS-CoV-2, populært kjent som Koronaviruset. Før jeg forteller om hva jeg har bedrevet siden sist, vil jeg i anledning pandemien ta en liten avstikker for å snakke om noe jeg syns er  ganske kult: virus i havet!

Bildet kan inneholde: laptop, tekst, teknologi, elektronisk apparat, font.

Hjemmekontor med dyne / skjermbilde av QGIS med Norge i all sin kartografiske prakt. Fotograf/skjermbildeopphavskvinne: Solveig Hansen

Badeglade virus

Det kom faktisk som en overraskelse på meg at verdens hav kryr av virus - nesten 200 000
arter* er så langt oppdaget i det blå segmentet av den blå planeten, og i én eneste skje med
sjøvann kan det boltre seg millioner av virus[1]. Tenk på det neste gang du bader! (Eller kanskje ikke.) Virus, som ikke selv er levende, men avhengige av vertsorganismer for å replikere seg, utgjør de mest tallrike “skapningene” i havet. Det er altså ikke bare vi tørrskodde som må hanskes med disse bittesmå celleparasittene. Relativt nylig har forskere oppdaget en type virus som infiserer våre venner stortare og sukkertare, som er viktige kommersielle tarearter[2]. Lite er foreløpig kjent om viruset og dets effekt, men med tanke på hvor store kostnader jordbruket har på grunn av virussykdom, er det verdt å ha i mente når verden i økende grad har begynt å kultivere disse artene. Virus ser forøvrig ut til å spille en viktig rolle i marine økosystemer generelt, blant annet ved at de holder bakterie- og algepopulasjoner i sjakk. De siste månedene har jeg virkelig fått øynene opp for hvor mye havet har å by på, både for dem som liker stort og dem som liker smått.

Men tilbake til landjorda: jeg må si jeg har kost meg på NIVA siden sist. Prosjektet der vi ser på variasjon i hvor dypt tare vokser har gått framover.


Biologi og statistikk

De første ukene jobbet jeg med å bygge datasettet vi skal analysere. Utgangspunktet er en
rekke observasjoner av tare i felt. Det vil si at noen har dykket eller sendt et kamera ned
forskjellige steder langs kysten av Norge og målt hvor dypt taren vokser hvert sted. Dette
datasettet må suppleres med informasjon om miljøforholdene i området, eksempelvis hvor klart vannet er og hvor mye bølger det er. Denne informasjonen har forskere beregnet basert på satellittdata og målinger, og modellene presenteres gjerne som et kart man kan hente ut verdier fra for aktuelle koordinater. Dette gjorde jeg ved hjelp av et kartprogram kalt QGIS. Programmet er open source, så du kan selv laste det ned på maskinen din og sjekke det ut! Når datasettet var komplett kunne jeg begynne på statistisk analyse for å se etter sammenhenger og hvilke miljøvariabler som kan være med på å forklare tarens vertikale utbredelse. Kanskje høres det tørt eller vanskelig ut, men statistikk og biologi er en slagkraftig kombinasjon, og det er faktisk veldig moro. For litt over ett år siden visste jeg knapt hva en variabel var for noe, så hvis jeg har greid å lære meg grunnleggende statistikk så kan alle det!

 

Avslutningsvis runder jeg av med et artig faktum som belønning til lesere som kom seg gjennom forrige avsnitt: Virus kan selv ha virus! Det er funnet kjempevirus på størrelse med små bakterier (fremdeles ganske så mikroskopisk, med andre ord) som selv har mindre virus, kalt virofager , som utnytter dem til å formere seg[3]. Noen virus får altså smake sin egen medisin! Marin mikrobiologi virker som et spennende felt, og en håndfull vann er på langt nær så “tom” som man kan få inntrykk av ved første øyekast. Når vi omsider slår opp med Korona så kan vi trøste oss med at det er flere virus i havet.

*art er en omdiskutert betegnelse når det gjelder mikroorganismer og virus, men som konsept er det nyttig og jeg velger å bruke betegnelsen her. 

 

Kilder:
[1] https://www.nature.com/articles/d41586-019-01329-w
[2] https://www.nature.com/articles/ismej2017130
[3] https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4096385/

Av Solveig Hakestad Hansen
Publisert 20. apr. 2020 13:49 - Sist endret 20. apr. 2020 13:49
Biopraksis

Biopraksis

Denne bloggen er skrevet av biovitenskapsstudenter i praksisopphold, som tilbys som en del av emnet "BIOS3050 - Arbeidspraksis i biovitenskap" ved Institutt for biovitenskap.