Rensing av DNA

Hva gjør man dersom en DNA-prøve fra et åsted ikke klarer å vise DNA-et på grunn av at noe forstyrrer prøven? Skal skurken gå løs da, eller er det noe som kan gjøres for å rense prøven?

qPCR-maskin

qPCR-maskin og resultat av dataene på PC ved siden av. Foto: Nora Skjerven Strømnes

Selvstendig på lab

Praksisen hos seksjon for rettsgenetikk i straffesaker har nå kommet ved veis ende, og det har vært en lærerik reise. Selve arbeidet og hvordan jobbhverdagen er lagt opp er mye mer selvstendig enn jeg først hadde trodd. Og det har gått helt fint, fordi jeg har blitt selvstendig og trygg på labben. Det har vært en fin erfaring å ta med seg, og nå er jeg enda mer nysgjerrig på arbeidslivet som venter på en biolog.

Kopiering av DNA

Siden sist jeg skrev blogginnlegg har jeg lært meg noen flere ting enn bare DNA ekstraksjon, som er å få ut DNA av celler. Jeg har fått lære meg å rense prøver. En prøve som trenger rens, er en prøve som først har gått gjennom DNA ekstraksjon og deretter blitt sjekket for hvor mye DNA som er i prøven. Dette gjøres gjennom noe som kalles real-time polymerase chain reaction eller quantitative polymerase chain reaction (real- time PCR / qPCR). Da blir DNA i prøven kopiert opp mange ganger og man sjekker på en data hvor mye DNA som eventuelt er til stede, eller om det er noe som forstyrrer prøven, slik at DNA-et ikke klarer å bli kopiert opp ordentlig. Desto mer kopiering man får av DNA-et i prøvene, desto mer DNA er faktisk i prøvene. Dersom nivåene går over en viss verdi så er prøvene såpass bra at de kan gå videre i prosessen for å kunne lage en DNA- profil.

Bildet kan inneholde: gass, maskin, kontorutstyr, engineering, elektrisk blå.
Rensemaskinen EZ1 Lure skurker bruker jeans. Foto: Nora Skjerven Strømnes.

Ting som kan forstyrre kopieringen av prøven er inhibitorer som for eksempel koffein, visse former for plast, urin eller for eksempel jeans stoff. Dersom prøven er nedbrutt eller delvis gradert, noe som kan skje dersom cellene ligger ute i sola og får UV-stråler på seg, er også noe som kan gjøre at man ikke får kopiert opp nok DNA. Resultatet av qPCR kommer opp på en dataskjerm, og man får se verdiene til de oppkopierte DNA- prøvene. Det er nå prøvene som har for lav verdi, etter vurdering må inn til rensing. Rensingen gjøres på en maskin som heter EZ1. Dette er en maskin som bruker prinsippet kolonnekromatografi for å rense prøvene, og dette gjøres automatisk med magnetkuler. Deretter går prøvene gjennom hele prosessen på nytt, med start hos DNA ekstraksjon, for å sjekke om de fortsatt får lave nivåer av DNA eller om man har klart å fjerne inhibitorene. Da kan kanskje ikke skurkene lenger puste lettet ut.

Tilbake i sommer

Praksis-tiden gikk veldig fort, og det har vært fint med et avbrekk fra skole og lesing. Jeg har også vært så heldig at jeg skal tilbake etter eksamen og jobbe hos seksjon for rettsgenetikk i straffesaker i sommerferien. Da skal jeg lære meg enda mer av laboratoriet-delen, og det ser jeg frem til. Det vil si at skurkene ikke får pause i sommerferien heller, for da er jeg tilbake!

Av Nora Skjerven Strømnes
Publisert 4. juli 2024 10:33 - Sist endret 4. juli 2024 10:33
Biopraksis

Biopraksis

Denne bloggen er skrevet av biovitenskapsstudenter i praksisopphold, som tilbys som en del av emnet "BIOS3050 - Arbeidspraksis i biovitenskap" ved Institutt for biovitenskap.