Som alle eukaryote kromosomer så har plantekromosomer en avsnøring som er tydelig å se når kromosomene kondenseres i metafaseplanet under celledelingen. Spindelfibre med tubulin fester seg til centromeren sp, danner et fysisk stivt område når DNA-trådene skal trekkes fra hverandre medatskillelse av kromosomer eller kromatider. Centromeren inneholder heterokromatin med lite rekombinasjon. Centromeren inneholder histoner hvor histonet H3 blir erstattet med centromerspesifikk CENH3. CENH3 er et evolusjonært konservert protein hos eukaryotene, men hvor den N-terminale halen kan være forskjellig. I tillegg danner DNA-molekylet en høyredreiet spiral i nukleosomet, mens den er venstredreiet i resten av DNA-molekylet. Feil i centromeren kan gi feil i atskillelsen av kromosomene under celledelingen. Centromeren med innsnevring befinner seg nødvendigvis ikke i sentrum av kromosomet. Plasseringen av centromeren og lengden og formen på kromosomarmene er viktige i cytogenetisk identifisering av kromosomer: Lasseringen av centromeren kan være:
Akrosentrisk (gr. akros – spiss; kentron – sentrum) med centromeren i mot den ene enden av kromosomet.
Telosentrisk (gr. telos – ende; kentron – sentrum) med centromeren helt i enden.
Metacentrisk (gr. meta – langs) med centromeren i midten av kromosomet.
Hemimetasentrisk med centromeren nær midten av kromosomet.
Holosentrisk (gr. holos - hel) hvor centromeren er spredd over større deler av kromosomet.
Centromeren består av tandemprepetert DNA, fra 150 til 180 basepar (bp), men hvor både kopiantall og type varierer mellom kromosomer og plantearter. I tillegg til tandemrepeterte sekvenser kan det være spredte repeterte sekvenser (enkelsekvensrepeterte mikrosatelitter med 2 til 6 nukleotider repetert i stort antall. Centromeren kan også inneholde spesifikke retrotransposoner. I tilknytning til centromeren finnes det på hver side en pericentromerisk region med relativt få gener.