Ektomykorrhiza er en symbiose mellom sopp og små tynne røtter (finrøtter) på skogstrær. Ektomykorrhiza er nødvendig for næringsopptak i trær som vokser i borealt og i temperert klima, og deltar i forflytning av karbon, nitrogen, fosfor og annen mineralnæring i skogsøkosystemer. Ektomykorrhiza gir sopp og treet gjensidig fordeler, og er nødvendig for eksistensen av begge partnere i symbiosen. De fleste ektomykorrhizasoppene hører med til basidiomycetene (stilksporesoppene, Basidiomycota) og ascomyceter (sekksporesoppene, Ascomycota). Disse kan danne fruktlegemer og omfatter ca. 2000 arter. De fleste ektomykorrhiza lever i mutualistiske assosiasjoner med bartrær i furufamilien (Pinaceae), løvtrær i bjørkefamilien (Betulaceae), bøkefamilien (Fagaceae) og familien Dipterocarpaceae Sistnevnte omfatter store trær som vokser i S-Amerika og SØ-Asia. Sopphyfene vokser mellom cellene (intercellulært) i de yttereste1-4 cellelag i rotbarken (rotcortex) og danner et hyfenettverk (Hartignett) i det ytre intercellulære kortikale rommet. Hyfene befinner seg som en mantel på utsiden av finrøttene, gir dem en klubbeform og trenger videre ut i det omgivende jordsmonnet. Utformingen av hyfene og hyfenettverket avhenger av soppart som inngår ektomykorrhiza. I ektomykorrhiza vokser ikke sopphyfene inn i rotcellene, til forskjell fra endomykorrhiza. Ektomykorrhiza utvider rotsonen og rekkevidden for næringsopptak opptil flere meter. Mineralnæring og organiske materiale utveksles mellom tre og sopp. Nitrogen er vanligvis en begrensende faktor i plantevekst og mye av nitrogen i skogbunnen befinner seg i organisk form. Mineraliseringen av det organiske materiale skjer sakte. Mykorrhiza spiller en viktig rolle i mobilisering av nitrogenreservene i jordsmonnet og gjør det tilgjengelig for plantevekst. Mykorrhiza respirer organiske forbindeler til CO2 som på nytt blir assimilert i trærnes fotosyntese, og er således viktige i karbonsyklus og nitrogensyklus i skogsøkosystemer. Næringsutvekslingen påvirker prosesser i jordsmonn, plantehelse og gir trærne økt toleranse for tørke og salttoleranse.
Mykorrhiza deltar opptak av nitrogen overført i treet, men også fosfor og andre mineraler i bytte mot karbonforbindelser laget i treets fotosyntese. Ektomykorrhiza har utviklet seg mange ganger gjennom evolusjonen, Soppene som inngår i ektomykorrhiza har sannsynligvis sin opprinnelse fra saprotrofe sopp . Konvergent evolusjon har gitt fysiologiske og morfologiske likheter mellom forskjellige typer ektomykorrhiza. Koevolusjon mellom sopp og plante eller tre har gitt, stor biodiversitet ektomykorrhiza. Ektomykorrhiza har mer begrenset geografisk utbredelse sammenlignet med endomykorrhiza. Ektomykorrhiza koloniserer finrøttene til verten og avgir nitrogen i bytte mot fotosynteseprodukter.
Soppen har ammonium importører (ANT1-3) som kan ta opp ammonium som er den nitrogenformen som foretrekkes av soppen, men de har også nitrattransportører for nitrat og organiske nitrogenforbindelser fra jordsmonnet. Nitratimporten blir nedregulert hvis det er ammonium tilstede, men opptak av organisk nitrogen blir i mindre grad påvirket. Ektomykorrhiza har sin opprinnelse fra saprotrofe sopp og har derved evnen til å nedbryte organisk materiale. De kan bruke oksidasjon i form av Fenton-kjemi i nedbrytning av organisk materiale med opprinnelse fra brunråte brukt til å nedbryte cellevegger med lignin. Dette mer effektivit enn å skille ut peroksidaser som hos hvitråte. Imidlertid, Ektomykorhiza skiller seg fra brunråtesopp ved i liten grad å utnytte karbonet fra de organiske molekylene, men tar i stedet opp nitrogen . Soppen kan skille ut peptidaser for å utnytte protein i jorda, har transportører for aminosyrer dipeptider og oligopeptider.
Nitrogen blir lagret i sopphyfene og noe blir sendt til rotspissene ved forflytning over to celllemembraner fra hyfecelle til plantecelle. Det skjer en oppregulering av ammoniumimportører, akvaporiner og spenningsregulerte kationkanaler. Sukrose fra silvevet i treet blir transportert til apoplast i overgang plantecelle soppcelle. sukrosetransportør (SUT), monosakkaridtransportør i SWEET-familien.