Heterokromatingener uttrykkes vanligvis ikke. Kromatinstrukturen kan modifiseres ved histonacetylering (en acetylgruppe (-COCH3) hektes på noen aminosyrer) eller ved DNA-metylering (en metylgruppe (- CH3) hektes på cytosin) og dette vil kunne påvirke graden av transkripsjon. Genekspresjon kontrolleres også av transkripsjonsfaktorer som er genbindende proteiner. Transkripsjonsfaktorene binder seg til kontrollelementer som er stykker av ikke-kodende DNA som regulerer transkripsjonen, enten ved aktivering eller hemming. Noen transkripsjonsfaktorer kjenner igjen TATA-boks i promoter, andre kjenner igjen proteiner. Kontrollelementer som ligger nær promoter
Det er forskjellige transkripsjonsfaktorer:
1) Zn-finger hvor hver finger består av en alfa (α)-proteinheliks og et beta (α)-plateark holdt sammen av zink (Zn).
2) Leucinglidelås (leucinzipper) hvor to a-helixer holdes sammen av aminosyren leucin..
3) helix-vending-helix transkripsjonsfaktorer. Stabiliteten til mRNA virker som en posttranskripsjonskontroll. mRNA hos prokaryoter er meget ustabil og degraderes raskt. Poly-A-halen og 5´-cap beskytter mRNA hos eukaryoter mot degradering, men hvis cap fjernes blir mRNA raskt delt opp av nukleaser.
Genekspresjonsprofilering
Genekspresjonsprofilering vil si å identifisere alle genene i celler eller cellevev som lager mRNA (transkriptom, RNAseq). Genekspresjonsprofilering vil si å finne og diagnostisere mulige sykdommer som har genetiske årsaker eller medvirkning.