Gresk og romersk kultur var dominerende i Middelhavsområdet fra 300 f.kr. til 500 e.kr. Med utgangspunkt fra Makedonia nord for Hellas ble Alexander den store (336 - 323 f.kr) hersker over et rike fra Hellas til N-India, som omfattet områder fra Alexandria i Egypt, Seleukia og Pergamon i Lilleasia og til Antiokia i Syria. Alexander hadde stor interesse for gresk kultur, diktning, filosofi og vitenskap, og hadde hatt Aristoteles som lærer. Etter Alexander den stores død 323 f.kr. mister grekerne militær og politisk innflytelse, men gresk litteratur, filosofi og vitenskap ble et forbilde for romerne. Bystaten Roma lå ved elven Tiber. Romerne lå i krig med etruskerne, men i allianse med latinerne la romerne under seg den italienske halvøy. Romerne seiret over kartagerne i tre puniske kriger om herredømmet over Middelhavet fra 264 f.kr. - 146 f.kr., og erobrede landområder ble omgjort til provinser. I 146 f.kr. ble også Makedonia og Hellas provinser. Folketribunene Tiberius og Gaius Gracchus forsøk på å gi jord til fattige småbønder endte med borgerkriger. Det første triumvirat med Cæsar, Pompeius og Crassus resulterte i at Cæsar ble enehersker i Romerriket i 45 f.kr. Etter mordet på Cæsar i 44 f.kr. fikk Oktavian (seinere kalt Augustus) makten etter å ha slått Antonius i slaget ved Actium (31 f.kr.).
Ved siden av Aten ble Alexandria i Egypt det store senteret for kultur og vitenskap. Dette skyldtes bl.a. kongerekken ptolemeierne som styrte Egypt i 250 år, først Ptolemaios I Soter som var stattholder i Egypt. Alexandria var byen for lærdom og kunnskap, et intellektuelt sentrum mellom Asia, Afrika og Europa. I Alexandria fantes et bibliotek med tusenvis av bokruller, men som ødelagt i kriger og oppstand bl.a. av kristne vandaler 33 e.kr., og av muslimer på 600-tallet. Museion var huset til musene, de 9 gudinner for litteratur, kunst og vitenskap (Evterpe, Erato, Kalliope, Kleio, Melpomene, Terpsikhore, Thaleia, Polyhymnia, Urania) , og inneholdt botaniske og zoologiske hager. Egypterne kjente til en gammel praksis med mummifisering.
Matematikeren Euklid, som skrev det store verket Stoikheia (Elementer) ca. 300 f.kr., kom også til Alexandria. Evklids geometri, aksiomer og deduksjon har preget matematikken helt fram til vår tid.
Den romerske dikteren Marcus Porcius Cato (234-149 f.kr.) skrev i De re rustica/De agricultura (Om landbruk) som inneholdt metoder om hagebruk, fruktdyrking, pløying, og bruk av husdyrgjødsel. Han satte latinske navn på planter. Catos De agricultura, en håndbok for gårdbrukere er bevart til vår tid. Den greske filosofen og historikeren Nicolaus Damascenus (Nikolaos fra Damskus) (f. 64 f.kr.) skrev De plantis. Boken ble oversatt til arabisk og latin, og den latinske oversettelsen har eksistert fram til vår tid. De første botaniske illustrasjoner av medisinplanter ble laget av Krateuas år 120 f.kr. Marcus Terentius Varro (116-29 f.kr.) skrev De Re Rustica (Om landbruk) (37 f.kr.) som en samtale mellom Varro og vennene, og temaene var generelt om landbruk, poding, gjødsling og dyrking av druer.
Lukrets (Titus Lucretius Carus (97-55 f.kr.) skrev De rerum natura (Om tingenes natur) i 6 bøker/sanger som tok for seg livets opprinnelse, datidens epikureiske fysikk og budskapet var at mennesket behøvde ikke frykte døden eller gudene. Lukrets kjempet mot religionens makt over menneskene, og mot antikk religion og overtro. Kunnskap i naturfilosofi ville beskytte folk mot demagoger og politikere. Mennesket var et produkt av naturen. Naturfilosofi (philosophia naturalis) var et begrep innført av Seneca. Den romerske filosofen, stoikeren og taleskriveren og keiser Nero Lucius Annaeus Seneca (ca. 4f.kr. 65 e.kr) (Seneca den yngre), som sammen med Keiser Marcus Aurelius og Epiktet var de andre stoikerne i Romerriket hvis tanker, brev og essays er like levedyktige i dagens samfunn.Se sitater av Seneca og Marcus Aurelius.
Greske filosofer før sofistenes tid var naturfilosofer. I de første hundreårene etter Kristi fødsel var det to bøker som påvirket botanikken i særlig grad. Den første var romeren Gaius Plinius Secundus, også kalt Plinius den eldre (23-79 e.kr.) med Historia Naturalis (Naturhistorie) bestående av 37 bøker, skjønt vi vil vel heller kalt det kapitler, hvorav 12-19 omhandlet botanikk relatert til landbruk, og bok 20-27 var om medisinplanter. Historia Naturalis var et naturleksikon, en encyklopaedia, og inneholdt alt som var kjent fra gresk og romersk tid, kunnskap som ellers ville ha forsvunnet. Plinius den eldre ga oversikt og beskrivelse av de urtene romerne brukte. Hvitløk var en viktig ingrediens. Asphodelus kunne brukes mot vorter og magesår. Plinius den eldre døde under vulkanutbruddet av Vesuv som begravde Pompeii og Herculaneum.
Det andre viktige verket var grekeren og legen Pendanios Dioskorides (54-68 e.kr) illustrerte bok Materia Medica (Om legekunsten) oversatt til latin på 500-tallet, 5 bøker med beskrivelse av medisinplanter fra landene rundt Middelhavet. Selv om Dioscorides bok var unøyaktig, lite vitenskapelig og illustrasjonene sterkt stiliserte, i samsvar med datidens avbildningstradisjon, ble den prototypen på fremtidige farmakopéer - bøker som lister opp medisiner og hvordan de ble laget. Urtekunnskap og kjennskap til legeurter var en viktig disiplin for legene.
I ca. år 60 e.kr. beskrev Lucius Junius Moderatus Columella, som var født i Spania og bodde i Italia, hvordan landbruket ble drevet. I De Re Rustica (Om landbruk), bestående av 13 bøker (kapitler), forteller Columella hvordan grønnsakbed kunne holde varmen ved å bli dekket med gjennomskinnelig stein slik at det kunne dyrkes agurker året rundt. Det var mye overtro og hvis planter, spesielt agurker, ble berørt av kvinner kunne veksten ødelegges. Det var kjent at oliven kunne podes på fiken og det var mulig å lage sektorhybrider av druer med forskjellige farger. Andre verker som omhandlet landbruk var Vergilius Georgica og Solinus med Collectanea rerum memorabilium.
Kopistene både endret, og i visse tilfeller forbedret, de gamle manuskriptene som fikk nye utgaver i form av urtebøker. Galen (Galenos) fra Pergamum (129-216 e.kr.) var en gresk lege og filosof. Galen har gitt navn til galenisk farmasi, og var den siste store biologen fra antikken. Ifølge Galen ville en ubalanse mellom kroppsvæskene blod, flegma og gul og svart galle gi sykdom. Aristoteles hadde vært teleolog, og han mente at alle organer hadde et formål og hensikt, men Galen gikk lenger og mente at det var en hensikt planlagt av en gud. Teleologi er den trosretning om at alt skjer med målrettet hensikt, og ikke på en irrasjonell og tilfeldig måte.
Etter Romerrikets Tiberius og Nero kom de gode keiserne Trajan, Hadrian og Mark Aurel (161-180). Mark Aurel var stoiker og skrev dagboka Til meg selv (Selvbetraktninger) En periode med uro fulgte før Diokletian tok makten, som igjen ble etterfulgt av keiserne Konstantin og Teodosius. Under Teodosius ble kristendommen statsreligion. Biskopen i Roma, kalt papa (far/ pave), ble betraktet som etterfølger etter apostelen Peter, den første biskop i Roma. Jfr. Peterskirken i Roma. Kirkefader Augustin ( - 430) skrev Guds stat, hevdet at guds stat var evigvarende og overordnet den verdslige. Den kristne skapelsesberetningen var at gud skapte verden og satte den i bevegelse. Pave Gregor den store fra 590 -604 ga paveembetet i Roma økt makt, men patriarken i Konstantinopel var opponenten i det østromerske riket, en polarisering som etterhvert skulle resultere i skisma i 1054 mellom østkirken (den gresk-ortodokse kirke), og vestkirken (den romersk-katolske). Benedikt av Nursia (ca. 480-547) deltok i grunnleggelsen av Benediktinerklostere i Europa. Munkene skrev av gamle manuskripter og noterte hendelser i klosterannaler. Romerrikets grenser ble truet av germanere, hunere, vandaler, frankere, burgundere og gotere. Vestgoterne ble herskere i Spania inntil de ble erobret av araberne i 711. I middelalderen etter Romas fall ble det romerske riket delt i et gresk Bysantisk rike og en latinsk del. En av kristenhetens store byer, Konstantinopel, det norrøne Miklagard, tok vare på restene av den klassiske greske antikken. Germanerhøvdingen Odovaker avsatte den vestromerske keiser i 476, men den østromerske keiser Zeno beholdt sin makt. Østgoterne under Teoderik slo seinere Odovaker, og Teoderik tok herredømme i Italia fra 488. Keiseren i Konstantinopel ble den som med det østromerske riket bar arven fra de store romerske keisere videre. Under keiser Justinian i Konstantinopel, ble deler av det vestromerske riket gjenerobret. Justinian forbedret lovverket og den romerske lovsamlingen Corpus Iuris ble brukt i andre europeiske land. Føydalsammfunnet fra 700-tallet var basert på naturalhusholdning med et storgods med godseier (seigneur) og landbruksteknologi som kunne bli overført til serfer med pliktarbeid på storgodset og til leilendingene.
Araberne hadde den svarte steinen i tempelet Kaba i Mekka som helligdom. Muhammed (570-632) mente han fikk budskap fra en gud. Læresetningene ble skrevet ned i Koranen som ga grunnlaget for religionen Islam. Muhammed og hans trosfeller ble ikke tatt vel imot i Mekka, og Muhammed rømte i stedet til Medina i år 622. Islam ble utbredt med rå makt og massehenrettelser over hele Arabia, og etter Muhammeds død overtok kalifene. Araberne hadde budskapet om at kampen for islams utbredelse ville føre dem til et paradis, noe som ga økt stridsslyst. Budskapet brukes også flittig i vår tid. Abu Bakr (573-634) etterfulgte profeten som kalif og det første kalifatet varte fra 632-634. Khalid Ibn al-walid (584-) var en muslimsk general som erobret Perserriket i 631 og det bysantiske østromerske rike med Alexandria i år 646. Mot øst ble arabernes framstøt stoppet ved Konstantinopel på 670-tallet. Den romerske keiser brukte "den greske ild" i krigføringen, ild laget fra salpeter, svovel og trekull. Maurerne (navnet på arabere i Spania og NV-Afrika) kom over til Spania, og til sammen ble dette et arabisk storrike. Granada ble maurernes kultursenter i Spania. Vestgoterne i Spania ble slått i 711, men arabernes videre framstøt mot frankerriket ble stoppet av Karl Martell i 732 ved Poitiers. Som takk for hjelpen med å gjøre Martells sønn Pipin den lille til konge fikk paven landområder rundt Roma som ga grunnlaget for Vatikanstaten. Arabisk språk erstattet latin i N-Afrika og arabisk ble snakket fra Spania til Indus. Mange greske manuskripter ble oversatt til arabisk, og ble på denne måten bevart. De arabiske folkevandringene førte til økt utbredelse av bomullsdyrking. Bomullsplanten kom opprinnelig fra India. Daddelpalmen var en annen kulturvekst araberne brakte med seg der de slo seg ned. De arabiske tallene hadde sin opprinnelse fra India og var mer velegnet til regning enn romertallene. Safran, spinat, sjasmin og sukker er ord som kommer fra arabisk. Araberne kunne også lage papir fra bomull, hamp og lin. Araberne lå i krysningspunktet mellom Europa, Persia og India, og formidlet kunnskap mellom Asia og Europa. Det var biblioteker i tilknytning til moskeene. Med arabernes erobring av Samarkand fikk de kunnskap om å lage papir fra kineserne, og det fantes en papirfabrikk i Bagdad i år 794. Kunnskapen om å lage papir ble overført til Europa. Det arabiske storriket ble delt opp i kalifater bl.a. i Kairo, Bagdad og Cordoba. Den arabiske kulturen hadde sin storhetstid fra 700-1200-tallet, med hovedsteder som Kairo, Damaskus og Fés. Araberne var inspirert av gresk vitenskapstenkning, og fungerte som bindeledd mellom Europa og India. Arabisk vitenskap hadde utgangspunkt i Bagdad, grunnlagt i 762, og seinere hovedstad i det arabiske riket. Skrifter ble oversatt fra sanskrit, gresk og kinesisk til arabisk. Man kunne regne vha. knuter på en snor. Araberne begynte å bruke tallet 0 sammen med de indiske tallene 1-9, indisk-arabisk regning med brikker. Romertall og abacus ble utkonkurrert når det skulle foretas enkle regnearter som addisjon og substraksjon. Araberen al- Ali Hysayn ibn Abdullah ibn Sina (980-1037), også kalt al-Husain Avicenna, skrev det medisinske verket alQuan, en bok om helbredelse og medisinplanter. Avicennas og Galens arbeider bestod helt til renessansen. Parfyme ble laget av roser og sjasmin, røkelse, myrra, kardemomme, kanel, rosmarin, moskus, ambra og sandeltre var handelsvarer. Muhammad Ibrahim Ibn Bassal (1038-1075) fra Toledo i Spania skrev Diwan al-filaha (1080) , en bok om landbruk. Korstogene med korsfarere som skulle befri det såkalte hellige land varte fra 1096-1291.
Grekerne hadde vært opptatt av hva som var nytt, mens man seinere i middelalderen mer eller mindre kritikkløst aksepterte kvasimagiske fenomener og trolldom. Benediktinermunken Walahfrid Strabo (808-849) skrev Liber de Cultura Hortorum (Bok om hagekunst), et lyrisk poem i heksameterform om 23 planter i en klosterhage og deres legende betydning. Naturvitenskapen på den tid var både poetisk og mytologisk, og man mente at greske guder deltok i naturens virke. Skolastikken i middelaldren kombinerte gresk filosofi med kristen tradisjon, og ble utøvet i katedralskoler og klostere, samt ved studiereiser til kunnskapssentere. På 1200- tallet skrev Macer Floridus De viribus herbarum (Om urtenes kraft) i heksameterform, og verket omhandlet medisinske effekter av flere urter, seinere oversatt til dansk. Urtemedisinen har hatt stor betydning for botanikkens utvikling. Rutilius Taurus Aemilianus Palladius skrev i det 14. århundre 14 bøker De Agricultura som fungerte som hagekalender. Han ga råd om bruk av tang og tare som gjødsel. Roger Bacon (1220-1292) introduserte Aristoteles vitenskapelige arbeider og eksperimenter i Vest-Europa. Petrus de Crescentiis (1233-1321) fra Bologna skrev Liber Ruralium Commodorum , en samling med praktisk kunnskap om landbruk.
Den hellige Hildegard von Bingen (1098-1179) var benediktinernonne som beskrev planter med navn også på tysk, Ursachen und Heilung der Krankheiten. Subtilitatum diversarum naturarum creaturarum (Om de naturlige skapningers finhet).
Karl den store (768-814), sønn av Pipin den lille, gjenerobret store deler av det vestromerske riket. Delingen av Karl den stores verdensrike ved freden i Verdun i 843 var med å etablere språkgrenser og landegrenser i Europa. Nordfra kom skandinaver inn i Normandie i 911. Madjarer (ungarere), som tilhørte den finsk-ugriske folkegruppen, og andre folkeslag kom med stadige angrep mot Vest-Europa De mange krigene førte til utviklingen av lensvesenet. Vitenskapen hadde en svært tilbaketrukket tilværelse i klostere. Klostere fra cistersienserorden ble lagt til ofte utilgjengelige områder. Andre klosterordner var Birgittinerorden, Johanitterorden og Benediktinerorden.
Botanikken ble ikke tilført mye ny kunnskap i middelalderen fra 400 til 1400 e.kr. På 1600-tallet ble signaturlæren dominerende. Ifølge nytteaspektet skulle formen på en plante eller et blad gi mennesket beskjed om hva den skulle brukes til. Et hjerteformet blad kunne brukes bot mot hjertesykdommer, et leverformet blad mot leversykdommer. Det var mange mytiske forestillinger, bl.a. om mandrake hvor rotstokken lignet et torso.
Philippus Aureolus Theophrastus Bombast von Hohenheim (1493-1541), kalt Paracelsus, var en av signaturlærens tilhengere hvor naturen var læremester. Paracelsus var sveitsisk lege og kjemiker, og selv om han var opptatt av mystikk, okkulte fenomener, kabbala, astrologi og alkymi, var han en brobygger mellom gammel og moderne vitenskap. Alkymistene søkte å omvandle metaller (lage gull fra uedle metaller), helbrede sykdommer, og finne "de vises sten", livseliksirer og ungdomskilder. Paracelsus skrev Buch von den natürlichen Dingen (1525). Paracelsus mente at for å kurere voldsomme sykdommer krevdes remedier av metaller og salter. Laudanum, opium i vin, var et av midlene som ble brukt.
Italia blir etterhvert kulturens nye fødested. Matteo Silvatico, italiensk lege og botaniker skrev i 1474 en materia medica kalt Pandectae hvor han ga plantene navn på latin, gresk og arabisk. Han grunnla også en botanisk hage i Salerno. Bartholomaeus Anglicus skrev De Proprietatibus Rerum i perioden 1230-1240. Bøkene, mest teologi, ble oversatt til en rekke språk og ble brukt på universitetene i nesten 300 år. Bok 17 omhandler trær og urter. Domikanermunken Albertus Magnus (St. Albert den store (1193-1280) ble kanonisert, og var en av middelalderens kjente personligheter. Hans De Vegetabilibus et Plantis (1260) bestod av 7 bøker hvor han gjorde egne undersøkelser av bladanatomi og bladnervatur, og inneholdt sitater tilbake til Hippokrates, Empedokles og Anaxagoras. Thomas fra Cantimprée (1204-1280) skrev et naturleksikon - De Natura Rerum. I 1256 laget Ch´en Ching-i et botanisk leksikon på 58 bøker som i poesi og prosa beskrev planter, landbruk og medisin. Tyskeren Konrad av Megenburg (1309-1374) skrev på tysk et naturhistorisk verk Das Buch der Natur som også tok for seg botaniske plantebestemmelser. Mye ble oversatt fra latin. Al-´Abbas al-Rasuli, sultanen av Yemen som regjerte fra 1362-1376, hentet sin informasjon fra gresk, og skrev om jord, gjødsel, vann, årstider, krydder, parfyme, frukt, formering og om å unngå plantesykdommer. I det 14. århundre var Kina et viktig område for vitenskap fra Yuan- til Ming-dynastiet. Wang Chens bøker fra 1314 omhandlet landbruk, landbruksredskaper og kornsorter. Chu-Hsiao, en av sønnene til keiseren av Kina, laget i perioden 1392-1400 en botanisk hage med importerte og akklimatiserte ville planter.
Før Johann Genzfleisch zum Gutenbergs (1400-1468) boktrykkekunst basert på løse metall typer (typografi), var bøkene bare for et lite mindretall. Mangfoldiggjøring av bøker skjedde ved avskrift, og pergament var kostbart og krevde mange dyreskinn per bok. Kopisten kunne også endre originalen. Bøkene var kunstverk med integrerte tegninger i teksten. Flyttbare metalltyper var kjent fra Korea på 1300-tallet, og i Kina hadde man hatt boktrykkerkunst basert på treplater med utskårne tegn. Kruttet, kompasset som muliggjorde seiling i overskyet vær, samt trykkekunsten, alle fra Kina, var tre store oppdagelser som fikk store konsekvenser. Et skrivesystem basert på bokstaver var bedre enn det kinesiske symbolspråket. Det var imidlertid Gutenberg fra Mainz som realiserte den eksisterende idé om boktrykkerkunst. Den trykte boka ble en kulturell fakkel. Bøkene samlet og fomidlet viten og i undervisngen ble det økt behov for bøker. Trekullpulver, lampesot og linolje ga trykksverte som ble smurt på trykkplaten som ble presset mot papir. Bokstavene ble støpt i tinn og bly, lagret i settekasser. Det ble behov for korrekturlesere. De første trykte bøkene ble kalt incunabula (l. vugge). Trykkekulturen med masseproduksjon av bøker gjorde det mulig for studenter å lese på egen hånd. Man trengte ikke lenger å huske alt utenat, og var ikke lenger bare avhengig av muntlig overføring av kunnskap. Fra 1500-tallet var det massiv økning i antall trykte bøker, og prisene på bøker sank drastisk.
Osman var grunnleggeren av det tyrkiske riket og han ble etterfulgt av sønnen Orchan. Orchans sønn Soliman gikk over Bosporos og inn i Europa i 1356. Det var de italienske byene Venezia og Genova som kontrollerte handelen med Bystants. I 1347 kom det et skip til Genova med rotter med lopper som var smittet med pestbakterien som ga byllepest, spredde seg videre som lungepest, og svartedauen utryddet store deler av Europas befolkning. I Skip til Bjørgvin i 1349 i Norge og historien om jostedalsrypa. Tyrkerne angrep kulturhovedstaden Konstantinopel (Bysants) i 1453, og dette ble slutten på det bysantiske østromerske keiserrike, og starten på det osmanske rikes storhetstid. Veksten skjedde i byene og den nye verden ble oppdaget. Krigsteknologi krevde økt innkreving av skatter.
Teksten er hentet fra Biologiens historie