Ligander e.g. cytokiner (interferon, interleukiner) gir dimerisering i reseptoren og gir nærkontakt med JAK tilknyttet reseptor, og som fosforylerer tyrosin på spesielle aktiveringsløkker i proteinet. J AK fosforylerer også hverandre, transfosforylering gir økt kinaseaktivitet . STATs inneholder kjernelokaliseringssignalog flytter seg til cellekjernen gjennom kjerneporekomplekset, via G-proteinet Ran (GTP) og transportproteinet og reseptoren importin som deltar i frakt fra cytoplasma til cellekjernen. Det er 4 forskjellige JAK 1-4 og sju forskjellige STAT1-7. Leptin er et peptidhormon som deltar i spiseatferd, og leptin som bindes til en reseptor påvirker genuttrykk via signalveien JAK-STAT. STATs blir også fosforylert og en dimer av STAT går inn i cellekjernen og virker som transkripsjonsfaktor. Proteinene JAK og STAT kan bli modifisert etter translasjonen via fosforylering, metylering eller acetylering.Ofte kan flere signalveier samvirke i en prosess.
Legemiddelet Baricitinib hemmer Janus kinase 1 og 2 (JAK1) og (JAK2), tyrosin kinaser som deltar i signalveien for betennelser.
Eksempler på andre metabolske signalveier er PI3K/Akt/mTOR signalvei og MAPK/ERK signalvei som JAK-STAT- kan interagere med.