Ved nøytral pH i en oksygenatmosfære oksideres toverdig jern til treverdig som gir tungtløselige utfellinger av ferrioksider. Under sure betingelser blir imidlertid ikke Fe2+ så lett oksidert og derfor er mange jernoksiderende bakterier obligat acidofile. Alternativt til sure forhold kan noen jernoksiderende bakterier leve ved nøytral pH i grensesjiktet mellom anaerobe og aerobe forhold siden Fe2+ er stabil under anaerobe forhold. Jernoksiderende bakterier kan også bruke reduserte svovelforbindelser som elektronkilde. Kjemoautotrofe Thiobacillus ferrooxidans er en vanlig jernoksiderende bakterie. Den kan vokse autotroft med toverdig jern eller reduserte svovelforbindelser som elektronkilder, og CO2 som karbonkilde. Når denne bakterien lever i områder med mye sulfat vil Fe3+ bli utfelt som jarositt (HFe3(SO4)2(OH)6. Sulfolobus er en jernoksiderende kjemoautotrof arkebakterie som lever i varme kilder. Pyrit (FeS2) er en vanlig form av svovel og jern i naturen. Når pyrit oksideres i gruver blir det dannet surt vann med svovelsyre.
Kjemoheterotrofe jernbakterier finnes i slektene Leptothrix og Sphaerotilus og disse bruker organisk materiale som karbonkilde. Jernbakterier finnes i mange økosystemer som myrer, vulkanske områder på havbunnen, grøfter, brønner, dammer, samt i vannledninger hvor jernutfelleringer kan tekke rørene.
Jernreduserende bakterier
Bakterier som bruker treverdig jern (Fe3+) som elektronaksptor. Kan redusere jern og mangan brukt som terminal elektronakseptor. Geobacter metallireducens er obligat anaerob og oksiderer kortkjedete fettsyrer og alkoholer med treverdig jern (Fe3+) som elektronakseptor og som blir redusert til toverdig jern (Fe2+).