Plastidegenomet består av fire hoveddeler: Stor enkel-kopi region (LSC), liten enkel-kopi region (SSC), atskilt med to kopier med inverterte repeterte sekvenser (IRA og IRB) med varierende størrelse, men disse siste kan mangle hos noen alger, gymnospermer og erteplanter. Parasittplanter har små plastidegenomer.
Et basepar (bp) er et par med nukleotidbaser, 1 kb = 1000 bp. Den store subenheten (rbcL) til det CO2-fikserende enzymet rubisko blir kodet av kloroplasten og den lille subenheten (rbcS) kodet av cellekjernen. Innholder alle genene for plastide tRNA o rRNA. Flere kloroplastproteiner blir laget på denne måten. Proteiner som skal inn fra cytoplasma til plastidene er merket med en peptid signalsekvens, transitpeptid, som etter transporten blir fjernet via en protease. Proteinene som skal inn i kloroplaster og mitokondrier må passere to membraner. Proteinene kan passere porer i membranen ved hjelp av chaperoner som retter ut peptidkjeden (Hsp 60,70 og 90), transportproteiner og energi fra ATP og eller GTP. Inne i plastidene eller mitokondriene blir påny proteinene foldet i rett 3D-struktur ved hjelp av chaperoner.
Tidligere trodde man at kloroplast- og mitokondrie-genomet var sirkulært som hos plasmider. Nå vet man at disse genomene kan være lineære, eller bundet i hode- hale-DNA som en greinet struktur, og i mange kopier.
Uniparental arv er hvor pollen og egg arver kloroplast- eller mitrokondire-genom fra bare en av foreldrene. Mitokondriene nedarves som regel maternalt via morplanten. Hos gymnospermene er det mest parental nedarving, mens angiospermene har mest maternal nedarving. Plastider kan også ha biparental nedarving, både via egg og pollen.