Klaring vil si å dyppe preparatet i xylen etter dehydrering slik at det blir gjennomsiktig og kan infiltreres med parafinvoks eller plast før det kuttes i mikrotom. Snittene har en tykkelse vanligvis mindre enn 18 mikrometer (µm). Snittet fra objektet farges. Safranin, metylenblått og krystallfiolett er eksempler på kation-farger som binder seg til negative overflater på cellene, eller Fast Green. Det fargede snittet plasseres deretter i et tynt lag Canadabalsam eller mer moderne f.eks. Eukitt® mellom dekkglass og objektglass. Balsam tørker og gir en brytningsindeks lik det biologiske preparatet. Dekkglasset er meget tynt (1/5 mm) og dekker preparatet.
Glassbeholdere for farging av lysmikroskopipreparat festet til et objektglass. Etter farging blir preparatet på objektglasset dekket ev et dekkglass som blir festet med lim. Fra Botanisk laboratorium, UiO.
Transmisjonselektronmikroskopisnitt
Mikroskopisnitt til transmisjonselektronmikroskopi kuttes på en ultramikrotom og får en tykkelse vanligvis mindre enn 300 nm. Snittene legges deretter på små kobbernett dekket av en kunstig hinne f.eks. formvar. Farging kan skje med uranylacetat og blycitrat som absorberer elektroner.