Peptidaser omfatter cystein-, aspartat- og serin-peptidaser, samt metallopeptidaser, og finnes hos både prokaryoter og eukaryoter.
Cysteine endopeptidasen legumain ble først funnet i bønner (Phaseolus vulgaris). Seinere ble den funnet i sneglefeberparasitten og flatormen Schistosoma, og deretter i alle dyr. Legumain kløyver proteinet i peptidbindingen etter aminosyren asparagin, en asparaginyl endopeptidase (asparagin endopeptidase) hvor det aktive sete binder binde cystein-histidin-asparagin. Enzymet inneholder i tillegg til protease også ligase. Hos pattedyr er legumain funnet også i lysosomer og endosomer. Hos dyr har legumain funksjoner i immunsystemet, blant annet antigenpresentering via MHCII.
Metalloendopeptidaser inneholder et metall e.g. zink i det katalyttiske sete. Astacin er en zink-endopeptidase som finnes hos dyr.
Kallikreiner
Kallikreiner er en gruppe serin-proteaser som finnes i plasma kodet av danet KLKB1 kallikrein i cellevev kodet KLKKallikrein i plasma. omdanner kinogener til bradykinin og kallidin som deltar i regulering av blodtrykk . Kallikrein kan også omdanne plasminogen til plasmin. Kallikreiner kan også delta i flassing av den ytre huden l. desquamare – skrape av fiskeskjell i stratum corneum fjerner keratinocytter og betennelsesprosesser i huden . KLK4 deltar i dannelse av tannemalje Kallikreiner er en familie med proteaser kodet av genene KLK1-15 som sammen kallikrein-relaterte peptidaser er serin proteaser som blir utskilt fra celler og har mange fysiologiske funksjoner. Spesifisieten kan enten være trypsinlignende eller kymotrypsin-lignende Ble oppdaget ved at de kunne frigi bradykinin fra kininogener . Det viste seg at de deltar i bradykinin B1 og bradykinin B2 reseptorer . Plasma kallikreiner medvirker ri frigivelse av kininer . Vevstype kallikreiner hører med til den kyrmotrypsin-lignende S1 familien med endopeptidaser
PSA er kodet av genet KLK3 og er et glykoprotein som hører med til kallikrein-relaterte peptidaser. PSA blir utskilt av epitelceller i prostata og ble tidligere brukt som en indikator på prostatakreft, men viste seg å være beheftet med mange feil og usikkerhet. . PSA deltar i minskning av viskositetet i sæd slik at spermcellene svømmer lettere. PSA kan muligens også være med å løse opp slimproppen ved livmorhalsen som gir enklere vei for spermcellene.