Reduksjonisme som metode har vært helt fundamentalt i forståelsen av virkemåten for alt liv: biologiske molekyler, deres kjemi og biokjemi, signalveier, kontroll og reguleringssløyfer, celleorganeller og cellebestanddeler, celler, cellevev, organer og kropp, deres anatomi og form, strukturelle og fysiologiske enhet. Reduksjonisme som metode har sin opprinnelse fra René Descartes i De homine (1662). Richard Dawkins introduserte begrepet "hierarkisk reduksjonisme" i boka The blind watchmaker. Eksempler på komplekse systemer som kan bli analysert med reduksjonisme er celler, nervesystem og hjerne, bevissthet og fri vilje, selvorganisering, organ(er), organisme, økosystem(er) og samfunn. Aksiomer innen matematikk. Planetbevegelser redusert til Newtons gravitasjonslover. Fenomenologiske ligninger og irreversibel termodynamikk Isroser dannet på et vindu en iskald vinterdag. Sprekkdannelser i leire eller gammelt steingods, såpebobler og såpeskum i oppvaskkummen, greinstrukturer på et løvtre.
Holisme er en tankegang om at helheten er større og mer omfattende enn summen av enkeltdelene. Aristoteles: "Det hele er mer en summen av delene".
Puslespill som viser litt om prinsippet med reduksjonisme. Deler lenket sammen til et hele, men er en overforenklet framstilling og analogi, og ikke alltid i overenstemmelse med virkeligheten. Det er for eksempel vanskelig å konkludere hvordan aksjonspotensialer fra milliarder av nerveceller og synapsekoblinger i hjernen kan lage følelsen av bevissthet og styre handlinger. Imidertid kan mange smådeler satt sammen lage en overordnet struktur, jfr. delene i en motor eller datamaskin.
Matrosjka-dukker illustrerer de forskjellige nivåene i vitenskapen bygget opp fra det store til det små,