Restriksjonsenzymene har under naturlige forhold til oppgave å fjerne og ødelegge DNA som er fremmed for bakterien og beskytter derved bakterien mot fremmedDNA. Bakterien beskytter sitt eget DNA mot restriksjonsenzymene ved å metylere basene A og C der hvor restriksjonsenzymet kutter. Noen av restriksjonsenzymene lager klebrige enkelttrådete ender på DNA-molekylet, andre lager rette ender uten slik enkelttrådet hale. Hvis to DNA molekyler har enkelttrådete ender som passer sammen kan de skjøtes katalysert av en ligase. Bruk av restriksjonsenzymer er en nødvendig forutsetning i genteknologi.
Restriksjonsenzymene har fått navn etter hvilken bakterie de er isolert fra f.eks. Eco RI fra Escherichia coli) som kutter i sekvensen GÑAATTC.