Sekvensering av DNA er de siste årene blitt billigere, og blir nå brukt i mange forskningsprosjekter. Når en sekvenserer sitter man igjen med cirka en halv million sekvenser hvor hver sekvens er mellom 200 og 800 basepar. Målet for ukjent patogen prosjektene er å finne viruset, bakterien eller soppen som er årsaken til at husdyr eller fisk har utviklet en ny og ukjent sykdom. Derfor er vi ikke interessert i flesteparten av sekvensene (de sekvensene som kommer fra vertsdyret). Det vi er interessert i er de relativt få sekvensene som tilhører patogenet. Disse sekvensene kan finnes ved å kombinere flere kriterier: 1) Kvitte seg med alle sekvensene man ikke vil ha, dvs. de sekvensene som kommer fra genomet til arten, hvis genomet er kjent bør dette være relativt lett ved hjelp av Megablast. 2) Ved å finne alle sekvenser som likner på et eller annet virus som allerede er sekvensert. 3) Hvis man antar at siden dyret er sykt vil de relativt få forskjellige virussekvensene være overrepresentert i forhold til artens mange forskjellige sekvenser.
Vi har allerede jaktet på og funnet to nye patogener i Laks. PRV (Palacios et al.) ble funnet i samarbeid med en gruppe på University of Colombia som har lang erfaring med å jakte på ukjente virus. De hadde mange lure men upubliserte og hemmelige knep som de brukte i manipuleringen fra mange til få interessante sekvenser. Det andre viruset fant vi i samarbeid med en gruppe på Broad Institute of MIT and Harvard disse hadde ikke samme erfaring med å jakte på virus men med litt prøving og feiling samt masse leting fant vi PMCV (Løvoll et al.). Vi vil i framtiden få flere slike datasett hvor årsaken til en ny sykdom hos husdyr/fisk skal finnes. I den forbindelse vil vi være litt mer forberet og allerede nå se på de datasettene vi har i håp om å utvikle en bedre og mer effektiv framgangsmetode (pipeline). Til høsten vil vi sekvensere et datasett med soppinfeksjon hvor hvilken sopp som er problemet skal finnes, i framtiden vil vi sikkert sekvensere enda flere datasett.
- Palacios G, Lovoll M, Tengs T, Hornig M, Hutchison S, Hui J, Kongtorp RT, Savji N, Bussetti AV, Solovyov A, Kristoffersen AB, Celone C, Street C, Trifonov V, Hirschberg DL, Rabadan R, Egholm M, Rimstad E, Lipkin WI. Heart and Skeletal Muscle Inflammation of Farmed Salmon Is Associated with Infection with a Novel Reovirus. PLOS ONE 2010; 5 (7): e11487
- Løvoll, Marie; Wiik-Nielsen, Jannicke; Grove, Søren; Wiik-Nielsen, C.R.; Kristoffersen, Anja Bråthen; Faller, Randi; Poppe, Trygve; Jung, Joonil; Pedamallus, Chandra S; Nederbragt, Alexander J; Meyerson, Matthew; Rimstad, Espen; Tengs, Torstein (2010). A novel totivirus and piscine reovirus (PRV) in Atlantic salmon (Salmo salar) with cardiomyopathy syndrome (CMS). Virology Journal. ISSN 1743-422X. 7 . doi: 10.1186/1743-422X-7-309