Habitatfragmentering er et habitat brutt opp i isolerte flekker uten korridorer eller kontakt med andre habitater. Habitatfragmenteringen gjør at små populasjoner har vanskeligheter med å finne parringspartnere og ved innavl skjer det innavlsdepresjon når to individer med tilnærmet lik genotype parrer seg med hverandre.
Vei til gammelt hyttefelt Blefjell, Flesberg kommune. Veier deler om leveområdene i stadig mindre biter og gir forstyrrelser.
Menneskeinduserte klimaendringer resulterer i at havisen i Arktis smelter og gjør at isbjørn mister habitat i jakt på sel og må i stedet gå langs land og spise sjøfuglegg og kadavre.
De store rovdyrene bjørn, ulv, jern og gaupe er avhengig av revirer med store arealer uten naturinngrep og som ikke bringer dem i kontakt med beitende husdyr. Slike habitater finnes knapt. Tilsvarende for tiger hvor bestanden er raskt synkende,
Moderne skogbruk med flatehogst også av gammelskog ødelegger habitatene og spillplasser for storfugl (tiur og røy).
Bygging og ferdsel i strandsonen destruerer habitatene for hekkende fugl langs kysten. Reduserte fiskebestander tvinger måkene til ¨skifte habitat fra kysten til søppelfyllinger og byområder.
Villrein mister habitat og ferdselsveier grunnet hyttebygging, veier og turisme i fjellet.
Fragmenteringen kan vanskeliggjøre migrasjoner ved endringer i klima. Kanteffektene blir også redusert. Habitatfragmentering kan føre til kjeder og spiraler av utryddelser. Hvor stort må et habitatfragment være for å opprettholde en populasjon ? Man må identifisere hva som begrenser en utrydningstruet bestand. Skog er biotop for mange arter. Avskoging gir økt næringsinnhold i bekker, elver og vann, utlekking av næringsstoffer og økt erosjon. Skogen gir mindre flom, reduserer effekten av snøras, og beskytter mot erosjon, gir skygge og avkjøling. Truete arter kan overleve i beskyttede områder, nasjonalparker og naturreservater drevet etter prinsipper for funksjonell økosystemforvaltning. Utrydningstruete arter i norsk natur er snøugle, fjellrev, ulv og bjørn. Ved sekundær ekstinksjon kan det skapes brudd i naturlige næringskjeder.
Skal en art overleve må populasjonen være stor nok til å hindre innavl og på lang sikt må det må kunne skje evolusjon uten genetisk drift. Sannsynligheten for utryddelse øker med reduksjon i habitatstørrelse og individantall. Det kan oppstå flaskehalser i populasjonen. Med bevaringsbiologiske virkemidler kan en populasjon reddes ved kunstig å tilføre individer til populasjonen eller sørge for immigrasjon fra hovedkildepopulasjonen. Introduksjon øker den genetiske variasjonen, men en ulempe er at lokale tilpasning (adapsjon) forsvinner (utkrysningsdepresjon).