Aminosyresekvensen i kapsidproteiner kan gi informasjon om evolusjonært slektskap mellom virus, et kapsidfylogram. Både kapsidproteiner og type nukleinsyrer brukes til klassifisering av virustyper. Sammensetningen av strukturproteinene i kapsidet kan variere hos en type virus og danne serotyper. Epitoper på viruskappeproteiner kan bli benyttet som antigener i utvikling av vaksine mot virus.
Flere typer virus er i tillegg omgitt av en ytre virusmembran som har sin opprinnelse fra plasmamembranen eller endomembransystenet til vertscellen som er infisert av viruset. Sammensetningen av virusmembranen kan bli modifisert av proteiner kodet av virusgenomet. Virus som er omgitt av en virusmembran kommer ofte ut av vertscellene via knoppskyting fra plasmamembranen.