Under aerobe betingelser omsettes pyruvat i sitronsyresyklus. Under aerobe forhold er det 3 substratfosforyleringer (2 i glykolysen og 1 i sitronsyresyklus) og 6 oksidasjoner (1 i glykolysen, 1 i pyruvat dehydrogenase og 4 i sitronsyresyklus). I oksidasjonene lages nikotinamid adenindinukleotid i redusert form (NADH) og noe flavin adenindinukleotid i redusert form (FADH2) og elektronene fra disse fraktes via elektrontransportkjeden tilbake til oksygen brukt til å lage en protongradient for ATP-syntese.
Uten oksygen omsettes pyruvat ved fermentering til alkoholer (etanol) og organiske syrer (melkesyre). I dette tilfellet reoksideres NADH i cytosol av et organisk molekyl som blir brukt som elektronakseptor.