Virkningsmekanismen antar man skyldes økt konsentrasjon av cytotoksisk hem, som gjør av de hematofage parasittene ikke kan omsette og metabolisere proteindelen hemoglobin i blodet på grunn av hemozoin. Kinin kan absorbere UV-A i sollys slik at det er også mulig å få dannet singlett oksygen som gir fotodynamiske effekter og fotosensitivitet .
Kinin består av en bisyklisk quinuklidinring og quinolin. Blir brukt som bitterstoff i Tonic water. Større mengder kinin kan gi cinchonisme og har flere andre bivirkninger.
Kinin er et alkaloid kalt cinchonaalkaloid
Biosynteseveien til kinin starter med en reaksjon mellom tryptamin og secologanin hvor produktet er strictocidin katalysert av stricocidin syntase, etterfulgt av hydrolyse, dekarboksylering, og i siste trinn er det en hydroksylering og metylering.
Et annet plantebasert middel mot malaria er artemisinin fra Artemisia annua.
Syntetisk kinin og kininderivater (hydroksyklorokin og klorokin)
William Henry Perkin som oppdaget det fiolette fargestoffet meauvein drev forsøk med å syntetisere kinin, uten å lykkes, men under andre verdenskrig klarte de amerikanske kjemikerne Robert B Woodward og William E Doering 1944 å lage kinin og man var ikke lenger avhengig av febertreet. Deretter ble det via forbedrete syneteseveier for derivater av kinin, blant annet hvor man hektet på en klorgruppe.
Hydroksyklorokin (og klorokin) er toprotiske baser som blir brukt i behandling av malaria, har kjemiske likhetstrekk med kinin. Virkningsmekanismen mot malariaparasitten er interferering med omsetningen av hem i hemoglobin. Hydroksyklorokin og klorokin har sannsynligivs flere virkningsmekanismer. Som fettløselige frie baser kan de passere membraner og akkumulerer i lysosomer hvor de blir protonisert i det sure miljøet, og pH stiger i lysosomene i blant annet immunceller. Økning i pH i påvirker aktiviteten til flere enzymer e.g. sure proteaser. Hydroksyklorokin kan også binde seg til Toll-lignende reseptorer. På samme vis som kinin har hydroksyklorokin og klorokin en lang rekke skadelige bivirkninger og må brukes med stor forsiktighet, blant annet når det eksperimenteres med i diverse behandlinger.