Nukleotiddiversiteten uttrykkes som π (pi), og blir bestemt fra DNA-sekvensdata. Man kan undersøke et gen bestående av f.eks. 500 basepar og se hvor lik sekvensen er hos en rekke haplotyper. Hvis man finner 5 enkeltbasepolymorfier (SNP, "snipper") innen genet hos de undersøkte haplotypene så blir andelen polymorfe seter 5/500= 0.01. Mennesket har lav nukleotiddiversitet, π ca. 0.1%., det vil si liten genetisk forskjell mellom individer og de fleste loki er like, og bare noen få er ulike. Nukleotiddiversitet kan beregnes både ut fra mitokondrie-DNA og kjerne-DNA. Sjimpanser og bonoboaper (Pan paniscus) har høyere nukleotiddiversitet enn mennesker.
Nukleotiddiversitet
Mål på grad av polymorfi og genetisk variasjon innen en populasjon for en art. Begrepet ble innført av Nei og Li i 1979. Gir et mål på gjennomsnittlig antall forskjeller i nukleotider per posisjon i nukleotidkjeden for to DNAsekvenser. Det gjøres sammenligning av alle mulige tilfeldige kombinasjoner av to DNAsekvenser som finnes i populasjonen dvs. alle haplotypene, og den genetiske diversiteten er koblet til grad av heterozygoti og allelvariasjon innen et lokus. Man må korrigere for frekvensen av haplotypene i populasjonen.
Publisert 6. apr. 2017 09:41
- Sist endret 25. sep. 2021 11:57