Polygen skår anvendes innen dyre- og planteforedling. Hos mennesker brukes genomvide assosiasjonsstudier (GWAS – «Genome Wide Association Study) i beregning av polygen skår. Blir brukt som prediktor for fenotyper for komplekse arvelige egenskaper (e.g. BMI, høyde) eller risiko (polygene risk skår) for sykdommer (e.g. koronar hjertesykdom, koblet til variasjoner i nukleotidsekvenser og enkeltbasepolymorfier («snips»), genetiske varianter, i en menneskepopulasjon. DNA du er født med representerer ingen predestinasjon, men kan indikere hvor man befinner seg på en skala uttrykt som persentiler, 50 persentilen er gjennomsnittet.
Estimert polygenskår S hatt for en vektet sum av m SNPer, hvor Xj er alleldosen (0,1,2), det vil si hvor mange alleler som gir hovedeffekt med vekting og effektstørrelse βj
\(\displaystyle \hat{S}= \sum _{j=1}^{m} X_j \beta_j\)