Lages fra monomere med acetyl-CoA. Syntesen katalyseres av et multifunksjonsprotein polyketide synthase. Eksempler er erythromycin som virker antibakterielt ved å hemme RNA polymerase og avermectin som virker mot innvollsormer. Polyketider er mangeartet gruppe naturstoffer med kompleks kjemisk struktur laget i sekundærmetabolismen hos bakterier, aktinobakterier, sopp, alger og planter. Polyketider har økologiske funksjoner i interaksjon mellom organismer. Mange polyketider har fysiologiske effekter på dyr og mennesker, og flere er giftige. Eksempler på polyketider mange typer antibiotika (makrolider , ansamyciner, tetrasykliner), mykotoksiner i sopp, fytotoksiner i planter for eksempel acetogeniner i annona
Polyketider blir laget i acetat-mevalonat-biosynteseveien, og polyketid syntase er store enzymkomplekser som har likhetstrekk med fettsyre syntase. Polyketider er sykliske forbindelser alkylert med med metyl- eller prenyl-sidegrupper, og dannet med aldol- og Claisen-kondensasjon.
Fra Rheum officinale i slireknefamilien (Polygonaceae) finnes antrakinon-lignende polyketider som emodin og chrysofanol. Emodin finnes også i sopp som Aspergillus og Penicillium. I arter av hinnebeger (Plumbago) i hinnebegerfamilien (Plumbaginaceae) finnes naftokinon polyketider som plumbagin. Helminthosporin er et oktaketid fra Helminthosporin gramineum. T-toksin fra Helminthosporium maydis og cytochalasin virker som fytotoksiner. Orsellinsyre er et tetraketid fra lavene Lecanora og Roccella. Depsider er estere av polyketider. Citrinin er et pentaketid fra Penicillium citrinum. Griseofulvin er et heptaketid fra Penicillium griseofulvum. Aflatoksiner fra Aspergillus er meget giftige og kreftfremkallende og finnes i soppinfiserte nøtter og kornarter, spesielt fra tropiske strøk.