Eksempler på reaksjonsrom eller kompartmenter (kompartementer) er organeller som mitokondrier, cellekjernen, endoplasmatisk retikulum, Golgiapparat og endosomer som utgjør endomembransystemet. I tillegg peroksysomer/glyoksysomer, autofagosomer, lysosomer, hos planter vakuoler. Cytosol danner et eget kompartment omgitt av cellemembranen (plasmamembranen). Man kan også betrakte det ekstracellulære rom utenfor cellene med ekstracellulær matriks og ekstracellulær væske (interstitiell væske) som et kompartment. Både eksosomer og ektosomer er eksempler på ekstracellulære vesikler som blir fraktet i det ekstracellulære reaksjonsrommet. Hos dyr utbjør blodåresystemet, lymfesystemet og cerebrospinalvæsken engne kompartmenter. Hos planter fungerer midtlamell med tilhørende væskefase som et ektracellulært kompartment. Planter har i tillegg kloroplaster og andre plastider.
Fordelen med atskilte kompartmenter er at forskjellige biokjemiske reaksjonsveier kan holdes atskilt i cellen, både anabolske og kataboliske. Mellom de forskjellige organellene (kompartmenter) foregår det stor og kontinuerlig trafikk innen en celle og mellom celler med vesikler som inneholder en last (cargo) med proteiner, lipider og andre molekyler. Vesikkeltransporten blir regulert av cytoskjelettet og av Rab-proteiner. Rab-proteiner er små GTPase-proteiner, en type G-proteiner. Rab-proteiner danner en stor gruppe innen familien Ras-proteiner. Det skjer sammensmelting av membraner ved både endocytose og eksocytose. I tillegg blir det laget ekstracellulære vesikler (eksosomer, ektosomer og apoptosiske vesikler).
Hos planter skjer det isolering av skadet xylem (vedvev) fra omgivelsene ved at det lages en kjemisk og antatomisk ring av celler rundt skadestedet som danner et kompartment.